Chromvar
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doi：10.18129/b9.bioc.chromvar
跨区域的染色质变化
生物导体版本：版本（3.13）
确定跨注释或峰的染色质可及性的变化。主要用于单细胞或稀疏染色质可访问性数据，例如从SCATAC-SEQ或稀疏的Bulk ATAC或DNase-Seq实验。
作者：Alicia Schep [Aut，Cre]，Jason Buenrostro [CTB]，Caleb Lareau [CTB]，William Greenleaf [THS]，Stanford University [CPH]
维护者：alicia schep
引用（从r内，输入引用（“ Chromvar”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ chromvar”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Chromvar”）
| html | R脚本 | 介绍 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 3.4） |
| 进口 | iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，纳博，，，，生物比较，，，，生物基因，，，，生物弦，，，，TFBSTOOLS，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS， 方法，RCPP， 网格，情节，，，，闪亮的，，，，miniui，统计，utils，图形，DT，，，，RTSNE，，，，矩阵，，，，总结性特征，，，，rcolorbrewer，，，，BSGENOME |
| 链接 | RCPP，，，，rcpparmadillo |
| 建议 | Jaspar2016，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，readr，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，pheatmap，，，，MotifMatchr |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | Signac |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | chromvar_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | chromvar_1.14.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | chromvar_1.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromvar |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/chromvar |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/chromvar/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
