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cellTree
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DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree
作为层次树结构的单细胞RNA-seq数据的推断和可视化
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包计算单细胞RNA-seq数据的潜狄利克雷分配(LDA)模型，并构建一个紧凑的树，对单个细胞之间随时间或空间的关系进行建模。
作者:David duVerle [aut, cre]， Koji Tsuda [aut]
维护者:David duVerle
引文(从R内，输入引用(“cellTree”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“cellTree”)
| R脚本 | 推论和可视化的单细胞RNA-seq数据作为一个层次树结构 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.27.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.3)，topGO |
| 进口 | topicmodels，大满贯，maptpx，igraph，xtable，gplots |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，HSMMSingleCell，biomaRt，org.Hs.eg.db，Biobase、工具 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://tsudalab.org |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | cellTree_1.27.0.tar.gz |
| Windows二进制 | cellTree_1.27.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | cellTree_1.27.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellTree |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cellTree |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/cellTree/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/cellTree/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
