cellHTS2

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellHTS2

细胞筛选的分析- cellHTS的修订版

Bioconductor版本:发行版(3.15)

该软件包提供了以微滴定板格式(包括但不限于384孔板)进行的高通量分析的工具。功能包括数据导入和管理、规范化、质量评估、复制总结和统计评分。生成了一个网页,提供了数据和分析结果的详细图形化概述。在我们的工作中,我们已经将该软件包应用于苍蝇和人类细胞的RNAi筛选,以及酵母文库的筛选。参见?cellHTS2获得简要介绍。

作者:Ligia Bras, Wolfgang Huber , Michael Boutros , Gregoire Pau , Florian Hahne < Florian。在novartis.com hahne >

维护者:Joseph Barry < Joseph。巴里在embl.de >

引用(从R中,输入引用(“cellHTS2”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("cellHTS2")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“cellHTS2”)

PDF R脚本 主要插图(完整版本):基于单元格的屏幕的端到端分析
PDF R脚本 主要插图:基于单元格的屏幕的端到端分析
PDF R脚本 补充:enhancer-suppressor屏幕
PDF R脚本 补充:多渠道化验
PDF 参考手册

细节

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版本 2.60.0
Bioconductor自 BioC 2.1 (R-2.6)(15年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 2.10),RColorBrewerBiobase、方法、genefiltersplotsvsnhwriterlocfit、网格
进口 GSEABase类别stats4,BiocGenerics
链接
建议 ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL http://www.dkfz.de/signalinghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我 imageHTSstaRank
进口我 gespeRRNAinteract
建议我 bioassayR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 cellHTS2_2.60.0.tar.gz
Windows二进制 cellHTS2_2.60.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) cellHTS2_2.60.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellHTS2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cellHTS2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cellHTS2/
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