celda.

DOI：10.18129 / b9.bioc.celda.

蜂窝潜在的Dirichlet分配

Bioconductor版本：释放（3.13）

Celda是一套贝叶斯分层模型，用于聚类单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）数据。它能够将“双聚类”和同时群集基因同时进入基因模块和细胞进入细胞亚群。它还含有Decontx，一种新的贝叶斯方法，用于在没有空液滴信息的情况下计算估计和去除单个细胞中的RNA污染。还包括各种SCRNA-SEQ数据可视化功能。

作者：Joshua Campbell [Aut，Cre]，Sean Corbett [Aut]，Yusuke Koga [Aut]，Shiyi Yang [Aut]，Eric Reed [Aut]，Zhe Wang [Aut]

维护者：Joshua Campbell

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“celda”）

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文件

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Browsevignettes（“Celda”）

PDF.	r script.	用Celda分析单细胞基因组数据
PDF.	r script.	用Decontx在单细胞数据中从环境RNA中估计和去除交叉污染
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.8.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.0）
进口	普利尔那Foreach.那ggplot2.那rcolorbrewer.， 网格，秤那GTABLE.，grdevices，图形，MatrixStats.那多达齐全那消化， 方法，重塑2.那S4Vectors.那data.table.那rcpp.那rcppeigen.那uwot.那enrichr.那概括分析那mcmcprecision.那GGRepel.那RTSNE.那用那撒尿（> = 1.14.4），斯那SinglecellexPeriment.那DBSCAN.那delayedarray那stringr.那矩阵那ComplexHeatMap.那多方养护那盘旋
链接到	rcpp.那rcppeigen.
建议	testthat.那kn那Roxygen2.那RAMAMAMDOW.那生物雕那Covr.那Biocmanager.那生物焦那m3dexampledata.那tenxpbmcdata.那singlecelltk.
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/campbio/celda/issues.
取决于我
进口我	singlecelltk.
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

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源包	celda_1.8.0.tar.gz.
Windows二进制文件	celda_1.8.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	celda_1.8.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/celda.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ celda
包短网址	https://biocumon.org/packages/celda/
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