celaref

DOI:10.18129 / B9.bioc.celaref

单细胞RNAseq细胞集群参照标记

Bioconductor版本:Release (3.15)

在单细胞RNAseq实验的聚类步骤之后,这个包旨在根据与参考数据集的相似性为聚类建议标签/细胞类型。它需要每个基因的每个细胞的读取计数表,以及属于每个簇的细胞列表(用于测试和参考数据)。

作者:Sarah Williams [aut, cre]

维护者:Sarah Williams < Sarah。Williams1 at monash.edu>

引文(从R内,输入引用(“celaref”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“celaref”)

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细节

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版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0),SummarizedExperiment
进口 桅杆ggplot2矩阵dplyrmagrittr,统计,utils,rlangBiocGenericsS4Vectorsreadr宠物猫DelayedArray
链接
建议 limma平行,knitrrmarkdownExperimentHubtestthat
SystemRequirements
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 celaref_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 celaref_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) celaref_1.14.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celaref
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/celaref
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/celaref/
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