ccrepe

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccrepe

ccrepe_and_nc.score

生物导体版本:发布(3.13)

CCREPE (composition Corrected by rennormalization and PErmutation)包被设计用来评估组成数据集中一般相似性度量的重要性。例如，在微生物丰度数据中，所有微生物的丰度总和为1;在为微生物之间的相似性度量分配p值时，CCREPE的设计考虑了这一约束。该包有两个功能:ccrepe:计算相似性度量，p值和q值的相对丰度在一个或两个身体位置使用bootstrap和置换矩阵的数据。数控。score:计算物种水平的共变异和共排斥模式，该模式基于对有序数据的棋盘式得分的扩展。

作者:Emma Schwager ，Craig Bielski< Craig。bielski于gmail.com>， George Weingart< George。在gmail.com weingart >

维护者:Emma Schwager < Emma。schwager在gmail.com>，Craig Bielski< Craig。bielski于gmail.com>， George Weingart< George。在gmail.com weingart >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("ccrepe")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“ccrepe”)

PDF	R脚本	ccrepe
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文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	infotheo(> = 1.1)
链接
建议	knitr,BiocStyle,BiocGenerics,testthat
SystemRequirements
增强了
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ccrepe_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	ccrepe_1.28.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ccrepe_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccrepe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ccrepe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccrepe/
包下载报告	下载数据