ccImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccImpute

ccImpute:基于聚类的方法推导出一个精确的、可伸缩的共识单细胞RNA-seq辍学事件数据(https://doi.org/10.1186/s12859 - 022 - 04814 - 8)

Bioconductor版本:版本(3.17)

辍学事件使低表达基因与真正的零表达式和不同的低表达在细胞相同的类型。这个问题使得任何后续下游分析困难。ccImpute是一个归责算法使用细胞相似集群建立共识转嫁最可能的辍学事件scRNA-seq数据集。ccImpute证明性能超过现有归责方法的性能同时引入最少的新的噪声以集群性能特征数据集与已知细胞身份。

作者:戈马拉克(cre, aut)

维护人员:戈Malec < mamalec iu.edu >

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biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp matrixStats,统计数据,SIMLR,BiocParallel
链接	Rcpp, RcppEigen
建议	knitr rmarkdown,BiocStylesessioninfo,scRNAseq,嘘,SingleCellExperiment、mclust testthat (> = 3.0.0)
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URL
BugReports	https://github.com/khazum/ccImpute/issues
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包档案

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源包	ccImpute_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	ccImpute_1.2.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ccImpute_1.2.1.tgz
macOS二进制(arm64)	ccImpute_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccImpute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ccImpute
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ccImpute/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccImpute/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档