BSSEQ
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doi：10.18129/b9.bioc.bsseq
分析，管理和存储Bisulfite测序数据
生物导体版本：版本（3.13）
用于分析和可视化Bisulfite测序数据的工具集合。
作者：Kasper Daniel Hansen [AUT，CRE]，Peter Hickey [aut]
维护者：gmail.com上的Kasper Daniel Hansen
引用（从r内，输入引用（“ BSSEQ”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bsseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ BSSEQ”）
| html | R脚本 | 用BSSEQ分析WGB数据 |
| html | R脚本 | BSSEQ用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.28.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.11（R-2.15）（8。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 4.0），方法，生物基因，，，，基因组机（> = 1.41.5），总结性特征（> = 1.19.5） |
| 进口 | iranges（> = 2.23.9），GenomeInfodB，，，，秤，统计，图形，生物酶，，，，Locfit，，，，gtools，，，，Data.Table（> = 1.11.8），S4VECTORS（> = 0.27.12），r.utils（> = 2.0.0），延迟的matrixstats（> = 1.5.2），输入，，，，林玛，，，，延迟（> = 0.15.16），RCPP，，，，生物比较，，，，BSGENOME，，，，生物弦，utils，HDF5Array（> = 1.19.11），RHDF5 |
| 链接 | RCPP，，，，beachmat |
| 建议 | 测试，，，，BSSEQDATA，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，矩阵，，，，多帕尔，，，，rtracklayer，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，beachmat（> = 1.5.2），batchjobs |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq |
| BugReports | https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues |
| 取决于我 | 饼干，，，，BSSEQDATA，，，，DMRSEQ，，，，DSS |
| 进口我 | dmrcate，，，，Methcp，，，，甲基接受，，，，甲基化，，，，米拉，，，，纳米塞维兹，，，，Scmeth，，，，tcgawgbsdata.hg19 |
| 建议我 | Methrix，，，，组织 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | bsseq_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | BSSEQ_1.28.0.ZIP |
| MacOS 10.13（高山脉） | BSSEQ_1.28.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/bsseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/bsseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
