blima

DOI:10.18129 / B9.bioc.blima

用于探测器(珠)水平上Illumina微阵列预处理和分析的工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

包blima包括几种用于Illumina微阵列数据预处理的算法。重点研究了珠级分析,为不等长向量的分位数归一化提供了新的方法。它提供了多种背景校正方法,包括背景减法、RMA(如卷积)和背景离群值去除。在珠层上实现方差稳定变换。还实现了用于数据汇总的方法。它还提供了在检测器(珠)水平和探针水平上执行t检验的方法,用于差异表达测试。

作者:vojtch Kulvait

维护者:vojtch Kulvait < Kulvait at gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“blima”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“blima”)

PDF R脚本 blima.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.3)
进口 beadarray(> = 2.0.0),Biobase(> = 2.0.0),Rcpp(> = 0.12.8),BiocGenerics, grDevices, stats, graphics
链接 Rcpp
建议 xtableblimaTestingDataBiocStyleilluminaHumanv4.db光民knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://bitbucket.org/kulvait/blima
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 blima_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 blima_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) blima_1.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) blima_1.32.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/blima
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ bla
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/blima/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/blima/
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