生物导体版本:版本(3.15)
饼干输出的BSSEQ加载的测试安全带,在定义区域和可映射样品中对WGB数据的汇总,有或没有插补,大多数降低了NA行,年龄估计等等。
作者:Tim Triche [Aut],Wanding Zhou [Aut],Benjamin Johnson [Aut],Jacob Morrison [Aut,Cre],Lyong Heo [Aut],James Eapen [AUT]
维护者:雅各布·莫里森(Jacob Morrison)
引用(从r内,输入引用(“ Biscuiteer”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Biscuiteer”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Biscuiteer”)
html | R脚本 | 饼干用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.10.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.10(R-3.6)(2。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 4.1.0),Biscuiteerdata,,,,BSSEQ |
进口 | readr,,,,Qualv,,,,矩阵,,,,算,,,,HDF5Array,,,,S4VECTORS,,,,rsamtools,,,,Data.Table,,,,生物酶,,,,基因组机,,,,iranges,,,,生物基因,,,,变体,,,,延迟的matrixstats,,,,总结性特征,,,,GenomeInfodB,,,,mus.musculus,,,,同性恋,,,,矩阵,,,,rtracklayer,,,,QDNASEQ,,,,DMRSEQ,方法,utils,r.utils,,,,gtools,,,,生物比较 |
链接 | |
建议 | DSS,,,,COVR,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,降价,,,,rlang,,,,Scmeth,,,,pkgdown,,,,roxygen2,,,,测试,,,,qdnaseq.hg19,,,,qdnaseq.mm10 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/trichelab/biscuiteer |
BugReports | https://github.com/trichelab/biscuiteer/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | biscuiteer_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | biscuiteer_1.10.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | biscuiteer_1.10.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biscuiteer |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/饼干器 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/biscuiteer/ |
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