biomformat

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomformat

一个接口包BIOM文件格式

Bioconductor版本:版本(3.16)

这是一个R包与BIOM格式。这个包包括基本工具阅读biom-format文件、访问和构造子集数据表从biom对象(这是更复杂的比一个表),以及有限的支持写biom-object回到biom-format文件。这个API的设计是为了匹配python API和其他工具包括biom-format项目,但明显味道“R”R用户应该很熟悉。这包括S4的类和方法,以及共同核心函数/方法的延伸。

作者:保罗·j·McMurdie < McMurdie stanford.edu >保尔森和约瑟夫N < jpaulson jimmy.harvard.edu >

维护人员:Paul j . McMurdie < McMurdie stanford.edu >

从内部引用(R,回车引用(“biomformat”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“biomformat”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biomformat”)

HTML R脚本 biomformat包装饰图案
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细节

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版本 1.26.0
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(> = 3.2),方法
进口 plyr(> = 1.8),jsonlite(> = 0.9.16),矩阵(> = 1.2),rhdf5
链接
建议 testthat(> = 0.10),knitr(> = 1.10),BiocStyle(> = 1.6),rmarkdown(> = 0.7)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/joey711/biomformat/http://biom-format.org/
BugReports https://github.com/joey711/biomformat/issues
取决于我
进口我 微生物,microbiomeExplorer,microbiomeMarker,phyloseq
建议我 metagenomeSeq,米娅,MicrobiotaProcess
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 biomformat_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 biomformat_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64) biomformat_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64) biomformat_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomformat
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biomformat
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/biomformat/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/biomformat/
包下载报告 下载数据

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