Biomart

doi：10.18129/b9.bioc.biomart

BiomArt数据库的接口（即Ensembl）

生物导体版本：版本（3.13）

近年来，公共数据存储库已获得大量生物学数据。对于全面的生物信息学数据分析，需要轻松访问这些有价值的数据资源和与数据分析的公司集成。BIOMART提供了越来越多的数据库集合的接口，该数据库实施了Biomart软件套件（ ）。该软件包可以以统一的方式检索大量数据，而无需了解基础数据库模式或编写复杂的SQL查询。BiomArt数据库中最突出的示例是通过Ensembl维护的，Ensembl可以直接访问一组数据集，并启用从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者：Steffen Durinck [Aut]，Wolfgang Huber [AUT]，Sean Davis [CTB]，Francois Pepin [CTB]，Vince S Buffalo [CTB]，Mike Smith [CTB，CRE]

维护者：迈克·史密斯（Mike Smith）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ biomart”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Biomart”）

html	R脚本	使用BiomArt访问Enembl注释
html	R脚本	使用Ensembl以外的BioMart
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.48.0
在生物导体中	Bioc 1.6（R-2.1）或更早（> 16年）
执照	艺术2.0
要看	方法
进口	utils，XML，，，，AnnotationDbi，，，，进步，，，，Stringr，，，，httr，，，，消化，，，，Biocfilecache，，，，Rappdirs
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，嘲弄
系统要求
增强
URL
取决于我	注解，，，，布拉替伯，，，，Chromplot，，，，彗星，，，，CustomProdb，，，，drugvsdisease，，，，Genefu，，，，Genomicozone，，，，米尼卡，，，，Netsam，，，，ppinfer，，，，诗篇，，，，repviz，，，，寿司，，，，vegamc
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链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	biomart_2.48.0.tar.gz
Windows二进制	biomart_2.48.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	biomart_2.48.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomart
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/biomart
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomart/
软件包下载报告	下载统计