benchdamic

DOI:10.18129 / B9.bioc.benchdamic

基准的微分丰富微生物组数据的方法

Bioconductor版本:版本(3.16)

从微生物数据集(16 s或WMS绝对计数的值)可以执行几个分析,评估许多微分丰度检测方法的性能。基本微分丰富和标准化版本的主要分析方法提供,但用户也可以将他的方法添加到基准。分析关注4个主要方面:1)每个方法的拟合优度分布假设观察计数数据,2)的能力控制错误发现率,3)之间的内部和方法的一致性,iv)研究结果的真实性,如果任何先验的知识。几个图形函数可用于可视化结果。

作者:Matteo Calgaro (aut (cre),奇亚拉Romualdi (aut),大卫。Risso (aut),尼古拉Vitulo (aut)

维护人员:Matteo Calgaro < mcalgaro93 gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“benchdamic”)

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文档

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	统计数据、stats4跑龙套、方法phyloseq,TreeSummarizedExperiment,BiocParallel,zinbwave,刨边机,DESeq2,limma,ALDEx2,SummarizedExperiment,桅杆,修拉,ANCOMBC,NOISeq,dearseq,metagenomeSeq,玉米棒子,MGLM,ggplot2,RColorBrewer,plyr,reshape2,ggdendro,ggridges、图形、cowplot,tidytext
链接
建议	knitr,rmarkdown,kableExtra,BiocStyle,SPsimSeq,testthat
SystemRequirements
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URL
BugReports	https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	benchdamic_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	benchdamic_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/benchdamic
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ benchdamic
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/benchdamic/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/benchdamic/
包下载报告	下载数据