basecallQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.basecallQC

使用Illumina基本调用和解复用输入和输出文件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

basecallQC包提供了使用Illumina bcl2Fastq(版本>= 2.1.7)软件的工具。在使用bcl2Fastq软件进行基调用和多路复用之前，basecallQC函数允许用户将Illumina样例表从版本<= 1.8.9更新到>= 2.1.7标准，清除样例表的常见问题，如无效的样例名称和id，创建读取和索引基掩码以及bcl2Fastq命令。在生成基调用和解复用数据之后，basecallQC包允许用户从Illumina XML输出文件生成HTML表、图表和自包含的摘要指标报告。

作者:托马斯·卡罗尔和玛丽安·多尔

维护者:Thomas Carroll

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“basecallQC”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R(>= 3.4)，统计，utils，方法，rmarkdown，knitr，prettydoc，yaml
进口	ggplot2，stringr，XML，光栅，dplyr，data.table，tidyr，magrittr，DT，lazyeval，ShortRead
链接
建议	testthat，BiocStyle
SystemRequirements	bcl2Fastq(版本>= 2.1.7)
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	basecallQC_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	basecallQC_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	basecallQC_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	basecallQC_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basecallQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/basecallQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/basecallQC/
软件包下载报告	下载数据