bamsignals

doi:10.18129/b9.bioc.bamsignals

从BAM文件中提取读取计数信号

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包允许从索引的BAM文件有效地获得计数向量。它计算给定基因组范围中的读取数量,并计算读取曲线和覆盖率。它还处理配对端数据。

作者:Alessandro Mammana [AUT,CRE],Johannes Helmuth [aut]

维护者:Johannes Helmuth

引用(从r内,输入引用(“ BamSignals”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ bamsignals”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Bamsignals”)

html R脚本 BamSignals包装简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.28.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(7年)
执照 GPL-2
要看 R(> = 3.5.0)
进口 方法,生物基因,,,,RCPP(> = 0.10.6),iranges,,,,基因组机,,,,Zlibbioc
链接 RCPP,,,,Rhtslib(> = 1.13.1),Zlibbioc
建议 测试(> = 0.9),rsamtools,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求 gnu做
增强
URL https://github.com/lamortenera/bamsignals
BugReports https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues
取决于我
进口我 Aneufinder,,,,Chromstar,,,,Epigrahmm,,,,核粒子,,,,NORMR,,,,细分器
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 bamsignals_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 bamsignals_1.28.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) bamsignals_1.28.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/bamsignals
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
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