bamsignals
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doi：10.18129/b9.bioc.bamsignals
从BAM文件中提取读取计数信号
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包允许从索引的BAM文件有效地获得计数向量。它计算给定基因组范围中的读取数量，并计算读取曲线和覆盖率。它还处理配对端数据。
作者：Alessandro Mammana [AUT，CRE]，Johannes Helmuth [aut]
维护者：Johannes Helmuth
引用（从r内，输入引用（“ BamSignals”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bamsignals”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Bamsignals”）
| html | R脚本 | BamSignals包装简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.28.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（7年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 3.5.0） |
| 进口 | 方法，生物基因，，，，RCPP（> = 0.10.6），iranges，，，，基因组机，，，，Zlibbioc |
| 链接 | RCPP，，，，Rhtslib（> = 1.13.1），Zlibbioc |
| 建议 | 测试（> = 0.9），rsamtools，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | gnu做 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/lamortenera/bamsignals |
| BugReports | https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | Aneufinder，，，，Chromstar，，，，Epigrahmm，，，，核粒子，，，，NORMR，，，，细分器 |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | bamsignals_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | bamsignals_1.28.0.zip（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | bamsignals_1.28.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/bamsignals |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
