小班夫

doi：10.18129/b9.bioc.bambu

长读RNA-seq数据的参考引导的同工型重建和定量

生物导体版本：版本（3.15）

BAMBU是使用长读RNA-seq数据的多样本转录本发现和定量的R软件包。您可以在阅读对准后使用BAMBU来获得已知和新的转录本和基因的表达估计值。BAMBU的输出可直接用于可视化和下游分析，例如差异基因表达或转录本使用情况。

作者：Ying Chen [Cre，Aut]，Andre Sim [aut]，Yuk Kei Wan [aut]，Jonathan Goeke [aut]

维护者：ying chen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bambu”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Bambu”）

html	R脚本	小班夫
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.2.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	r（> = 4.1），总结性特征（> = 1.1.6），S4VECTORS（> = 0.22.1），BSGENOME，，，，iranges
进口	生物基因，，，，生物比较，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，统计rsamtools， 方法，RCPP，，，，xgboost
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	AnnotationDbi，，，，生物弦，，，，rmarkDown，，，，Biocfilecache，，，，GGPLOT2，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，GGBIO，，，，栅格，，，，尼特，，，，测试，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，实验室（> = 1.15.3），deseq2，，，，纳米果仁糖，，，，apeglm，utils，dexseq
系统要求
增强	平行
URL	https://github.com/goekelab/bambu
取决于我
进口我	火焰
建议我	纳米果仁糖
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bambu_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	bambu_2.2.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	bambu_2.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bambu
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/bambu/
软件包下载报告	下载统计