atena

DOI:10.18129 / B9.bioc.atena

转位因子的分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

转位因子的量化表达式(te)从RNA-seq数据通过不同的方法,包括ERVmap、TEtranscripts和望远镜。提供了一个公共接口使用这些方法,包括建立一个参数对象,调用这个对象的量化函数并得到一个SummarizedExperiment对象作为输出量化表达谱的容器。实现允许一个量化的te和基因转录一个集成的方式。

作者:Beatriz Calvo-Serra (aut (cre),罗伯特·Castelo (aut)

维护人员:Beatriz Calvo-Serra < Beatriz。卡尔沃upf.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“atena”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“atena”)

HTML	R脚本	介绍atena包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),SummarizedExperiment
进口	方法、统计数据矩阵,BiocGenerics,BiocParallel,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,Rsamtools,GenomeInfoDb,SQUAREM,sparseMatrixStats,AnnotationHub,尺度,matrixStats
链接
建议	covr,BiocStyle,knitr,rmarkdown,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/functionalgenomics/atena
BugReports	https://github.com/functionalgenomics/atena/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	atena_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	atena_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	atena_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	atena_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/atena
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ atena
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/atena/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/atena/
包下载报告	下载数据