Artms

doi：10.18129/b9.bioc.artms

质谱分析R工具

生物导体版本：版本（3.15）

ARTMS提供了一组用于分析蛋白质组学标签数据集的工具。它以最大搜索结果输出（证据.txt文件）为输入，并执行质量控制，使用MSSTATS，下游分析和集成。ARTMS还提供了一组功能来重新格式化并与其他分析工具兼容，包括Saintq，SaintExpress，Phosfate和Photon。检查[http://artms.org]（http://artms.org）以获取详细信息。

作者：David Jimenez-Morales [AUT，CRE]，亚历山大·罗莎·坎波斯[AUT，CTB]，约翰·冯·多伦[aut]，内凡·克罗根（Nevan Krogan）[aut]，Danielle Swaney [AUT，CTB]

维护者：David Jimenez-Morales

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ artms”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Artms”）

html	R脚本	学习使用Artms
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	GPL（> = 3） +文件执照
要看	R（> = 4.1.0）
进口	AnnotationDbi，，，，位64，，，，循环，，，，簇，，，，Corrplot，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，getopt，，，，ggdendro，，，，GGPLOT2，，，，GPLOTS，，，，Ggrepel，图形，grdevices，网格，林玛，，，，MSSTATS，，，，OpenXLSX，，，，org.hs.eg.db，，，，pheatmap，，，，情节，，，，plyr，，，，rcolorbrewer，，，，秤，，，，seqinr，统计Stringr，，，，花花公子，，，，insctr，utils，Venndiagram，，，，Yaml
链接
建议	生物使用，，，，复杂的图像，，，，事实，，，，Factominer，，，，Gprofiler，，，，尼特，，，，表演，，，，org.mm.eg.db，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL	http://artms.org
BugReports	https://github.com/biodavidjm/artms/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	artms_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	artms_1.14.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	artms_1.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/artms
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/artms
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/artms/
软件包下载报告	下载统计