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appreci8R
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DOI:10.18129 / B9.bioc.appreci8R
欣见8r: R/Bioconductor封装，用于过滤snv和短索引，具有高灵敏度和高PPV
Bioconductor版本:Release (3.15)
该升值8r是我们的升值8-算法-管道精确变种调用集成8工具的R版本。我们的标准赞赏8-工具(GATK, Platypus, VarScan, FreeBayes, LoFreq, SNVer, samtools和VarDict)的变体调用结果，以及多达5个额外的工具被组合，评估和过滤。
作者:Sarah Sandmann
维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>
引文(从R内，输入引用(“appreci8R”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“appreci8R”)
| R脚本 | 使用appreci8R | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年) |
| 许可证 | LGPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | 闪亮的，shinyjs，DT，VariantAnnotation，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，Homo.sapiens，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，rsnps，Biostrings，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，COSMIC.67，rentrez，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，seqinr，openxlsx，Rsamtools，stringr， utils，统计，GenomicRanges，S4Vectors，GenomicFeatures，IRanges，GenomicScores，SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | GO.db，org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | appreci8R_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | appreci8R_1.14.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | appreci8R_1.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/appreci8R |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/赏8r |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/appreci8R/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
