annmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.annmap

与Affymetrix阵列和NGS分析相关的基因组注释和可视化包。

Bioconductor版本:发行版(3.13)

annmap提供Affymetrix外显子阵列的注释映射和基于坐标的查询，以支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面，API提供了一组函数，如genesInRange()、geneToExon()、exonDetails()等。同时还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的功能。基础数据来自Ensembl。

作者:Tim Yates

维护者:Chris Wirth

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("annmap")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“annmap”)

PDF		Annmap安装说明
PDF		annmap底漆
PDF		Annmap食谱
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，GenomicRanges
进口	DBI，RMySQL(0.6 > = 0),消化，Biobase、网格晶格，Rsamtools，genefilter，IRanges，BiocGenerics
链接
建议	RUnit，rjson，Gviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://annmap.cruk.manchester.ac.uk
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	annmap_1.34.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	annmap_1.34.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/annmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/annmap/
软件包下载报告	下载数据