动物库

doi：10.18129/b9.bioc.animalcules

交互式微生物组分析工具包

生物导体版本：版本（3.15）

AnimalCules是一个用于利用最新数据分析，可视化方法和机器学习模型的R软件包，为用户提供易于使用的交互式微生物组分析框架。它可以用作独立软件包，或者用户可以使用随附的互动R Shiny应用程序探索他们的数据。传统的微生物组分析（例如α/β多样性和差异丰度分析）得到了增强，而动物库中引入了诸如生物标志物鉴定之类的新方法。动物库产生的强大互动和动态数字使用户能够更好地理解其数据并发现新的见解。

作者：Yue Zhao [AUT，CRE]，安东尼·费德里科[AUT]，W。EvanJohnson [AUT]

维护者：yue zhao

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

如果（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ AnimalCules”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“动物”）

html	R脚本	动物库
PDF		参考手册

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0.0）
进口	断言，，，，闪亮的，，，，Shinyjs，，，，deseq2，，，，商在，，，，情节，，，，GGPLOT2，，，，Rentrez，，，，RESHAPE2，，，，COVR，，，，猿，，，，素食主义者，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，多亚sayExexperiment，，，，总结性特征，，，，S4VECTORS（> = 0.23.19），XML，，，，福卡，，，，秤，，，，格子，，，，Glmnet，，，，tsne，，，，PlotRoc，，，，DT，utils，林玛，方法，统计，蒂布尔，，，，生物形式，，，，UMAP，，，，矩阵，，，，Gunifrac
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，用这个
系统要求
增强
URL	https://github.com/compbiomed/animalcules
BugReports	https://github.com/compbiomed/animalcules/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	AnimalCules_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	AnimalCules_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	AnimalCules_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/animalcules
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/动物库
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/animalcules/
软件包下载报告	下载统计