扩增器
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doi：10.18129/b9.bioc.amplican
CRISPR实验的自动分析
生物导体版本：版本（3.15）
``amplican'执行扩增子读取，使收集的数据归一化，计算多个统计数据（例如，降低率，移码），并以汇总报告的形式呈现结果。可以通过实验，条形码，用户定义的组，指南和扩增子来分解数据和统计信息，以便快速识别潜在问题。
作者：Kornel Labun [Aut]，Eivind Valen [CPH，CRE]
维护者：eivind valen
引用（从r内，输入引用（“扩增器”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Amplican”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Amplican”）
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| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），方法，生物基因（> = 0.22.0），生物弦（> = 2.44.2），Data.Table（> = 1.10.4-3） |
| 进口 | RCPP，utils（> = 3.4.1），S4VECTORS（> = 0.14.3），Shortread（> = 1.34.0），iranges（> = 2.10.2），基因组机（> = 1.28.4），GenomeInfodB（> = 1.12.2），生物比较（> = 1.10.1），gtable（> = 0.2.0），栅格（> = 2.2.1），GGPLOT2（> = 2.2.0），ggthemes（> = 3.4.0），胡扯（> = 0.7.0），Stringr（> = 1.2.0），Stats（> = 3.4.1），矩阵（> = 0.52.2），矩阵（> = 1.2-10），dplyr（> = 0.7.2），rmarkDown（> = 1.6），尼特（> = 1.16），集群（> = 1.2.7） |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | 测试，，，，生物使用，，，，基因组签名 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/valenlab/amplican |
| BugReports | https://github.com/valenlab/amplican/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Amplican_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Amplican_1.18.0.zip（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | Amplican_1.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/扩增器 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
