aggregateBioVar

DOI:10.18129 / B9.bioc.aggregateBioVar

对多种学科scRNA-seq差异基因表达分析

Bioconductor版本:版本(3.15)

为单细胞RNA-seq收集的数据来自多个主题(如生物样品或技术复制),这个包包含工具总结单细胞基因表达谱的主题。SingleCellExperiment对象作为输入并转换为SummarizedExperiment对象的列表,每个列表元素对应于一个指定的细胞类型。SummarizedExperiment对象包含聚合gene-by-subject数矩阵和inter-subject列个别对象的元数据,可以使用下游加工批量RNA-seq工具。

作者:杰森·拉特克利夫称(aut (cre)安德鲁·瑟曼(aut),迈克尔·[所有]奇门蒂Alejandro Pezzulo(施)

维护人员:杰森·拉特克利夫称< jason-ratcliff uiowa.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“aggregateBioVar”)

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细节

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版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计数据、方法S4Vectors,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,矩阵,宠物猫,rlang
链接
建议	BiocStyle,魔法,knitr,rmarkdown,testthat,BiocGenerics,DESeq2,magrittr,dplyr,ggplot2,cowplot,ggtext,RColorBrewer,pheatmap,冬青
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar
BugReports	https://github.com/jasonratcliff/aggregateBioVar/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	aggregateBioVar_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	aggregateBioVar_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	aggregateBioVar_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aggregateBioVar
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ aggregateBioVar
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/aggregateBioVar/
包下载报告	下载数据