耶稣

DOI：10.18129 / b9.bioc.yapsa.

签名分析的另一个包装

Biocometiond版本：释放（3.12）

该包提供了用于突变签名的监督分析的功能和程序（即，必须知道签名，CF.L.Alexandrov等，自然2013和L.Alexandrov等，Bioaxiv 2018）。特别地，功能族LCD（LCD =线性组合分解）可以使用最佳签名特定的截止，该截止物照顾不同签名的不同可检测性。此外，该包提供了不同的突变签名集，包括宇宙和PCAWG SNV签名和PCAWG Indel签名;后者推断与yapsa，对突变签名的监督分析的概念扩展到indel签名。Yapsa还提供由简档可能性计算的置信区间，并且可以对分层突变目录（SMC =分层突变型目录）进行签名分析，以分析不同地层中的签名的富集和耗尽模式。

作者：Daniel Huebschmann，Lea Jopp-saile，Carolin Andresen，Zuguang Gu和Matthias Schlesner

维护者：Daniel Huebschmann

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“yapsa”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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BROWSEVIGNETTES（“YAPSA”）

HTML.	r script.	1. Yapsa的使用
HTML.	r script.	2.特定于特定的截止
HTML.	r script.	3.置信区间
HTML.	r script.	4.变异分析突变分析
HTML.	r script.	5. indel签名分析
HTML.	r script.	6. WES数据的Yapsa使用
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.16.0
在生物导体中以来	BIOC 3.4（R-3.3）（4.5岁）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 3.6.0），Genomicranges.那ggplot2.， 网格
进口	Limsolve.那Somaticsignatures.那VariantAnnotation.那Genomeinfodb.那重塑2.那格拉底那控制那dendextend.那getoptlong.那盘旋那Gtrellis.那多达齐全那PMCMR.那ggbeeswarm.那ComplexHeatMap.那凯格斯特，grdevices，生物仪器那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那Magrittr.那Pracma.那dplyr.，实用程序
链接到
建议	testthat.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
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进口我
建议我
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包档案包

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源包	yapsa_1.16.0.tar.gz.
Windows二进制文件	yapsa_1.16.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	YAPSA_1.16.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/yapsa.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ yapsa
包短网址	https://biocumon.org/packages/yapsa/
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