VegaMC

DOI:10.18129 / B9.bioc.VegaMC

VegaMC:一个包实现变分分段光滑模型识别司机染色体不平衡的癌症

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包可以检测司机染色体不平衡包括杂合性丢失(LOH)阵列比较基因组杂交(aCGH)数据。VegaMC执行联合细分的数据集,并使用统计框架区分司机和乘客突变。VegaMC已经实现,这样就可以将立即与输出由PennCNV集成工具。此外,VegaMC产生的输出之间的两个网页,允许快速导航区域检测和基因改变。在web页面总结了改变基因,链接到各自的运用基因报告web页面。

作者:美国摩根氏菌属和m .切

维护人员:桑德罗摩根氏菌属< morganellaalx gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“VegaMC”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VegaMC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VegaMC”)

PDF R脚本 VegaMC
PDF 参考手册

细节

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版本 3.36.0
Bioconductor自 BioC 2.10 (r - 2.15)(11年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 2.10.0),biomaRt,Biobase
进口 方法
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 VegaMC_3.36.0.tar.gz
Windows二进制 VegaMC_3.36.0.zip
macOS二进制(x86_64) VegaMC_3.36.0.tgz
macOS二进制(arm64) VegaMC_3.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VegaMC
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VegaMC
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/VegaMC/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/
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