VariantTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

变量调用的探索性分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.13)

使用过滤器探索、诊断和比较变量调用。

作者:Michael Lawrence, Jeremiah Degenhardt, Robert Gentleman

维护者:Michael Lawrence

引文(从R内,输入引用(“VariantTools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("VariantTools")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantTools”)

PDF R脚本 VariantTools简介
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文本 新闻

细节

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版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 S4Vectors(> = 0.17.33),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),VariantAnnotation(>= 1.11.16),方法
进口 Rsamtools(> = 1.31.2),BiocGenericsBiostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵rtracklayer(> = 1.39.7),BiocParallelGenomeInfoDbBSgenomeBiobase
链接
建议 RUnitLungCancerLines(> = 0.0.6),RBGLgmapR(> = 1.21.3)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 HTSeqGenieMMAPPR2
建议我 VariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 VariantTools_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 VariantTools_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) VariantTools_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VariantTools/
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