VariantTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

变量调用的探索性分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.13)

使用过滤器探索、诊断和比较变量调用。

作者:Michael Lawrence, Jeremiah Degenhardt, Robert Gentleman

维护者:Michael Lawrence

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("VariantTools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantTools”)

PDF	R脚本	VariantTools简介
PDF		包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

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版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	S4Vectors(> = 0.17.33),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),VariantAnnotation(>= 1.11.16)，方法
进口	Rsamtools(> = 1.31.2),BiocGenerics，Biostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵，rtracklayer(> = 1.39.7),BiocParallel，GenomeInfoDb，BSgenome，Biobase
链接
建议	RUnit，LungCancerLines(> = 0.0.6),RBGL，图，gmapR(> = 1.21.3)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	HTSeqGenie，MMAPPR2
建议我	VariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantTools_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	VariantTools_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	VariantTools_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantTools/
软件包下载报告	下载数据