VarCon

DOI:10.18129 / B9.bioc.VarCon

VarCon: R包获取邻近SNV的核苷酸

Bioconductor版本:版本(3.15)

VarCon R包将注释的位置信息转换为一个单核苷酸变异(SNV)(指的是编码序列或参考基因组序列)。它检索基因组参考序列在单核苷酸变异的位置。驴,SNV是否可能影响绑定的剪接调控蛋白VarCon calcualtes HEXplorer分数作为评估。此外,VarCon另外报告拼接网站检索中的基因组序列拼接的优势,由于SNV任何更改。

作者:约翰Ptok (aut (cre)

维护人员:约翰Ptok <约翰内斯。在posteo.de Ptok >

从内部引用(R,回车引用(“VarCon”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VarCon”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

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HTML R脚本 分析与VarCon SNVs
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细节

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版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 Biostrings,BSgenome,GenomicRangesR (> = 4.1)
进口 方法、统计数据IRanges,闪亮的,shinycssloaders,shinyFiles,ggplot2
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 VarCon_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 VarCon_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉) VarCon_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VarCon
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VarCon
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VarCon/
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