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DOI:10.18129 / B9.bioc.VERSO
病毒进化重建(VERSO)
生物导体版本:发布(3.12)
在大流行期间，病毒基因组中迅速积累的突变可用于追踪病毒的进化，从而解开病毒感染网络。到这种地步时,病毒测序样品可以用来估计模型从基因流行病学和服务,例如,估计未被发现的感染者的比例揭开神秘的传输,以及预测可能趋势的感染,住院,死亡,恢复的人。VERSO是一个算法框架，从病毒样本处理变异侧面产生病毒进化的系统发育模型。该方法通过最大化对数似然函数来解决具有系统发生约束的布尔矩阵分解问题。VERSO包括两个独立的后续步骤;在这个包中，我们提供了VERSO STEP 1的R实现。
作者:Daniele Ramazzotti [aut]
， Fabrizio Angaroni [aut]， Davide Maspero [cre, aut]， Alex Graudenzi [aut]， Luca De Sano [ctb]
维护者:Davide Maspero
引文(从R中输入引用(“反面”)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!2、安装BiocManager::install("VERSO")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(反面)
| R脚本 | 左页 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.0.0) |
| 进口 | 猿平行,Rfast,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO |
| BugReports | https://github.com/BIMIB-DISCo/VERSO |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | VERSO_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | VERSO_1.0.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | VERSO_1.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VERSO |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/反面 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/VERSO/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
