- 家
- Biocumon 3.12.
- 软件包
- vcfarray.
vcfarray.
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DOI：10.18129 / b9.bioc.vcfarray
表示磁盘/远程VCF文件作为阵列对象
Biocometiond版本：释放（3.12）
vcfarray将DelayedArray扩展到将VCF数据条目表示为与磁盘/远程VCF文件的数组对象作为后端。来自VCF文件的数据条目，包括信息字段，格式字段和固定列（REF，ALT，UST，过滤器）可以转换为具有不同维度的VCFARRAY实例。
作者：钱刘[AUT，CRE]，Martin Morgan [Aut]
维护者：钱刘
引文（从R内，输入引文（“vcfarray”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：
if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“vcfarray”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
BROWSEVIGNETTES（“VCFARRAY”）
| HTML. | r script. | VCFARRAY：DelayedArray对象带有磁盘/远程VCF后端 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 |
细节
| Biocviews. | bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.9（R-3.6）（2年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 依靠 | R（> = 3.6），方法，生物根系那delayedarray（> = 0.7.28） |
| 进口 | 工具，Genomicranges.那VariantAnnotation.（> = 1.29.3），基因组夫妇（> = 1.17.3），S4Vectors.（> = 0.19.19），RSAMTOOLS. |
| 链接到 | |
| 建议 | SEQARRAY.那生物焦那Biocmanager.那testthat.那kn那RAMAMAMDOW. |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://github.com/liubuntu/vcfarray |
| Bugreports. | https://github.com/liubuntu/vcfarray/issues. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | vcfarray_1.6.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | vcfarray_1.6.0.zip. |
| Macos 10.13（高塞拉） | vcfarray_1.6.0.tgz. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/vcfarray |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondudard.org：包/ vcfarray |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/vcfarray/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
