VAExprs

DOI:10.18129 / B9.bioc.VAExprs

与变分Autoencoders生成样本的基因表达数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

生物医学研究的一个基本问题是低数量的观察,主要是由于缺乏可用biosamples,高昂的成本,或道德的原因。通过增加一些实际观测与人工生成的样本,分析可能导致更健壮和更高的可再生的。一个可能的解决方案是使用生成模型、统计模型的数据,试图捕捉整个概率分布的观测。使用变分autoencoder (VAE),一个著名的深层生成模型,这个包的目的是生成样本的基因表达数据,特别是对单细胞RNA-seq数据。此外,VAE可以使用空调来产生特定的细胞类型或亚种。条件VAE (CVAE)允许我们创建目标样本而不是完全随机的。

作者:Dongmin荣格(cre, aut)

维护人员:Dongmin荣格< dmdmjung gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VAExprs”)

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HTML	R脚本	VAExprs
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras,mclust
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,tensorflow,嘘,CatEncoders,DeepPINCS,purrr,图,统计数据
链接
建议	SC3,knitr,testthat,网状,rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包	VAExprs_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	VAExprs_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	VAExprs_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VAExprs_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VAExprs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VAExprs
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VAExprs/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VAExprs/
包下载报告	下载数据