Ularcirc

doi:10.18129/b9.bioc.ullcirc

用于规范和背部剪接分析的闪亮应用程序(即圆形和mRNA分析)

生物导体版本:版本(3.15)

ULARCIRC在星形对齐的剪接连接文件中读取,并提供可视化和分析工具用于剪接分析。用户可以评估后置路口和前进典型连接。

作者:David Humphreys [AUT,CRE]

维护者:David Humphreys

引用(从r内,输入引用(“ ularcirc”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ ularcirc”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ ularcirc”)

html R脚本 Ularcirc
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细节

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版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(3.5岁)
执照 文件执照
要看 R(> = 3.4.0)
进口 AnnotationHub,,,,AnnotationDbi,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,Data.Table(> = 1.9.4),DT,,,,GenomicFeatures,,,,GenomeInfodB,,,,GenomeInfodBdata,,,,基因组签名,,,,基因组机,,,,GGPLOT2,,,,Ggrepel,,,,gsubfn,,,,mirbase.db,,,,时刻,,,,有机体,,,,Plotgardener,,,,r.utils,,,,S4VECTORS,,,,闪亮的,,,,发光的dashboard,,,,光泽,,,,Shinyjs,,,,Yaml
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38,,,,生物使用,,,,httpuv,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,rmarkDown,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown
系统要求
增强
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包装档案

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源包 ularcirc_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 ularcirc_1.14.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) ularcirc_1.14.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ularcirc
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ularcirc
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ularcirc/
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