UMI4Cats

DOI:10.18129 / B9.bioc.UMI4Cats

UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化

Bioconductor版本:版本(3.15)

UMI-4C是一种技术,允许3 d染色质交互的描述感兴趣的诱饵,利用声波降解法一步生产独特的分子标识符(umi)有助于消除重复偏差,从而允许一个更好的微分学染色质之间的交互情况。这个包允许UMI-4C处理数据,从FastQ文件排序提供的设施。它提供了两种统计方法检测微分接触和包括一个可视化功能从UMI-4C情节综合信息分析。

作者:Mireia Ramos-Rodriguez (aut (cre)马克•Subirana-Granes (aut),洛伦佐Pasquali (aut)

维护人员:Mireia Ramos-Rodriguez < mireiarr9 gmail.com >

安装

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细节

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版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment
进口	魔法,cowplot,尺度,GenomicRanges,ShortRead,动物园,ggplot2,reshape2,地区,IRanges,S4Vectors,magrittr,dplyr,BSgenome,Biostrings,DESeq2,R.utils,Rsamtools,stringr,Rbowtie2、方法、GenomeInfoDb,GenomicAlignments,RColorBrewer跑龙套,grDevices统计,org.Hs.eg.db,注释,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rlang,GenomicFeatures,BiocFileCache,rappdirs,食品及药物管理局,BiocGenerics
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,tidyr,testthat
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URL	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats
BugReports	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues
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包档案

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源包	UMI4Cats_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	UMI4Cats_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	UMI4Cats_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UMI4Cats
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ UMI4Cats
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/UMI4Cats/
包下载报告	下载数据