UCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.UCell

基于秩的单细胞数据特征富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

UCell是一个用于评估单细胞数据集中基因签名的软件包。UCell签名分数基于Mann-Whitney U统计量，对数据集大小和异构性具有鲁棒性，其计算所需的计算时间和内存比其他可用方法更少，即使在计算能力有限的机器上，也可以在几分钟内处理大型数据集。UCell可以应用于任何单单元数据矩阵，并包括直接与singlecel实验和Seurat对象交互的函数。

作者:Massimo Andreatta [aut, cre]，圣地亚哥·卡莫纳[au]

维护者:Massimo Andreatta < Massimo。Andreatta在unilever .ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“UCell”)

超文本标记语言	R脚本	1.UCell基因签名评分
超文本标记语言	R脚本	2.使用UCell和singlecelexperiment
超文本标记语言	R脚本	3.使用UCell和Seurat
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	方法,data.table(> = 1.13.6),矩阵，BiocParallel，BiocNeighbors，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment
链接
建议	修拉，嘘，scRNAseq，reshape2，拼接而成，ggplot2，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/carmonalab/UCell
BugReports	https://github.com/carmonalab/UCell/issues
全靠我
进口我	逃避
建议我	SCpubr
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	UCell_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	UCell_2.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	UCell_2.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	UCell_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/UCell
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/UCell/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/UCell/
软件包下载报告	下载数据