TimiRGeN

DOI:10.18129 / B9.bioc.TimiRGeN

时间敏感microRNA-mRNA集成、分析和网络生成工具

Bioconductor版本:Release (3.15)

TimiRGeN (Time Incorporated miR-mRNA Generation of Networks)是一种新颖的R包，功能分析和集成时间过程miRNA-mRNA差异表达数据。该工具可以在R中生成小型网络，或将结果导出到细胞景观或路径视图中，以进行更详细的网络构建和假设生成。此工具是为希望深入研究时间序列多组数据集的研究人员而创建的。TimiRGeN在数据减少方面比许多其他工具走得更远。在这里，在一段时间内，可能有数十万种潜在的miRNA-mRNA相互作用可以被缩减为少数高可信度的影响信号通路的miRNA-mRNA相互作用。

作者:Krutik Patel [aut, cre]

维护者:Krutik Patel < Krutik。帕特尔在纽卡斯尔。ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TimiRGeN”)

超文本标记语言	R脚本	TimiRGeN
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文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，Mfuzz，MultiAssayExperiment
进口	biomaRt，clusterProfiler，dplyr(> = 0.8.4),FreqProf，gtools(> = 3.8.1),gplots，ggdendro，gghighlight，ggplot2，图形，grDevices，igraph(> = 1.2.4.2),RCy3，readxl，reshape2，rWikiPathways，尺度统计数据,tidyr(> = 1.0.2中),stringr(> = 1.4.0)
链接
建议	BiocManager，kableExtra，knitr(> = 1.27),org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Krutik6/TimiRGeN/
BugReports	https://github.com/Krutik6/TimiRGeN/issues
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TimiRGeN_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	TimiRGeN_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TimiRGeN_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TimiRGeN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TimiRGeN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TimiRGeN/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档