TVTB
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.tvtb
TVTB：VCF工具箱
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包提供了S4类和方法来过滤，总结和可视化VCF文件中存储的遗传变异数据。特别是，该软件包扩展了FilterRules类（S4VECTORS软件包），以定义适用于VCF对象各个插槽的过滤器规则的新闻类别。功能是在闪亮的Web应用程序中集成和演示的，即闪亮的变体资源管理器（TSVE）。
作者：Kevin Rue-Albrecht [AUT，CRE]
维护者：kevin rue-albrecht
引用（从r内，输入引用（“ TVTB”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ TVTB”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ TVTB”）
| html | R脚本 | TVTB简介 |
| html | R脚本 | 闪亮的变体探险家 |
| html | R脚本 | VCF过滤器规则 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.4），方法，utils，stats |
| 进口 | AnnotationFilter，，，，生物基因（> = 0.25.1），生物比较，，，，生物弦，，，，Ensembldb，，，，ememblvep，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，ggally，，，，GGPLOT2，，，，GVIZ，，，，林玛，，，，iranges（> = 2.21.6），RESHAPE2，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS（> = 0.25.14），总结性特征，，，，变体（> = 1.19.9） |
| 链接 | |
| 建议 | ensdb.hsapiens.v75（> = 0.99.7），闪亮的（> = 0.13.2.9005），DT（> = 0.1.67），rtracklayer，，，，生物使用（> = 2.5.19），尼特（> = 1.12），rmarkDown，，，，测试，，，，COVR，，，，潘德 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/kevinrue/tvtb |
| BugReports | https://github.com/kevinrue/tvtb/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | tvtb_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | TVTB_1.22.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tvtb |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/tvtb |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/tvtb/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
