TSCAN
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doi：10.18129/b9.bioc.tscan
单细胞分析工具
生物导体版本：版本（3.13）
提供了基于簇质心构建的最小跨越树执行轨迹分析的方法。通过将每个群集（或新单元格）中的细胞映射到树中最接近的边缘来计算伪颞序有序。使用线性建模来识别沿树的每个路径差异表达的基因。还实施了几个绘图和交互式可视化功能。
作者：Zhicheng ji [Aut，Cre]，Hongkai JI [AUT]，Aaron Lun [CTB]
维护者：zhicheng ji
引用（从r内，输入引用（“ TSCAN”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ tscan”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ TSCAN”）
| R脚本 | TSCAN：单细胞分析的工具 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | Singlecellexperiment，，，，轨迹 |
| 进口 | GGPLOT2，，，，闪亮的，，，，plyr， 网格，Fastica，，，，Igraph，，，，组合，，，，MGCV，，，，mclust，，，，GPLOTS，方法，统计，矩阵，，，，总结性特征，，，，延迟，，，，S4VECTORS |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，测试，，，，砍伐，，，，斯克兰，，，，Metapod，，，，生物比较，，，，生物脑，，，，Batchelor |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | 奥斯卡 |
| 进口我 | ctggem，，，，盛宴 |
| 建议我 | 调味品 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | tscan_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | tscan_1.30.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | tscan_1.30.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tscan |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/tscan |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/tscan/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
