Tronco

doi：10.18129/b9.bioc.tronco

Tronco，R Translational肿瘤学的R包

生物导体版本：版本（3.15）

TRONCO（转化肿瘤学）R软件包通过Suppes-Bayes因果网络的方法收集算法以推断进展模型，包括来自肿瘤的合奏（横截面样品）和单个患者（多区域或单细胞样本））。该软件包提供了处理二进制矩阵的算法的并行实现，其中每一行代表肿瘤样品，每列是单核苷酸或驱动进展的结构变体；0/1值模拟了样品中该改变的不存在/存在。该工具可以从普通，MAF或GISTOR格式文件中导入数据，并可以从癌症基因组学的CBIOPORTAL中获取数据。提供了用于数据操作和可视化的功能，以及将此类数据导入/导出到其他生物信息学工具的功能，例如，共同排斥更改的聚类或检测。可以通过自举和交叉验证对推断模型进行可视化和测试。Tronco用于实施癌症推理的管道（野餐）。

作者：Marco Antoniotti [CTB]，Giulio Caravagna [AUT，CRE]，Luca de Sano [aut]，Alex Graudenzi [AUT]，Giancarlo Mauri [CTB]，Bud Mishra [CTB]，Daniele Ramazzotti [aut]

维护者：luca de sano

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Tronco”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tronco”）

PDF	R脚本	转化肿瘤学的R软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.28.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1.0）
进口	Bnlearn，，，，rgraphviz，，，，gtools， 平行，foreach，，，，多帕尔，，，，迭代器，，，，rcolorbrewer，，，，循环，，，，Igraph， 网格，栅格，，，，Xtable，，，，gtable，，，，秤，，，，r.matlab，grdevices，图形，统计，utils，方法
链接
建议	生物基因，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，rwikipathways
系统要求
增强
URL	https://sites.google.com/site/troncopackage/
BugReports	https://github.com/bimib-disco/tronco
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tronco_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	tronco_2.28.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tronco_2.28.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tronco
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tronco
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/tronco/
软件包下载报告	下载统计