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烤面包
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TOAST
分析异构组织的工具
Bioconductor版本:版本(3.16)
这个包是用于高通量数据分析(如基因表达微阵列、DNA甲基化芯片、RNA-seq)从复杂组织。目前的功能包括1。检测特异性或跨单元类型微分信号2。基于树的微分分析3。改善reference-free反褶积的变量选择4。部分reference-free反褶积与先验知识。
作者:章子怡李和张胖子Luxiao陈郝
维护人员:李章子怡< zli16 mdanderson.org >
从内部引用(R,回车引用(“土司”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“土司”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“土司”)
| HTML | R脚本 | 烤面包的用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(3年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (> = 3.6),EpiDISH,limma,nnls,quadprog |
| 进口 | 统计数据、方法SummarizedExperiment,corpcor,doParallel平行,ggplot2,tidyr,GGally |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,gplots,matrixStats,矩阵 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/ziyili20/TOAST/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | TOAST_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TOAST_1.12.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | TOAST_1.12.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | TOAST_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TOAST |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/面包 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TOAST/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TOAST/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
