TFEA。芯片

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFEA.ChIP

分析转录因子富集

Bioconductor版本:Release (3.15)

利用ChIP-Seq实验数据分析基因集中转录因子富集的包。

作者:Laura Puente Santamaría, Luis del Peso

维护者:Laura Puente Santamaría

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TFEA.ChIP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TFEA.ChIP”)

超文本标记语言	R脚本	TFEA。芯片: a tool kit for transcription factor enrichment
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细节

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版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	GenomicRanges，IRanges，biomaRt，GenomicFeaturesgrDevices,dplyr，统计，utils，R.utils、方法、org.Hs.eg.db
链接
建议	knitr，rmarkdown，S4Vectors，情节，尺度，tidyr，ggplot2，DESeq2，BiocGenerics，ggrepel，rcompanion，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TFEA.ChIP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	TFEA.ChIP_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TFEA.ChIP_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFEA.ChIP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFEA.ChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFEA.ChIP/
软件包下载报告	下载数据