TCGAbiolinks

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinks

TCGAbiolinks:用于与GDC数据整合分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:Release (3.15)

TCGAbiolinks的目标是:i)促进GDC开放访问数据检索，ii)使用适当的预处理策略准备数据，iii)提供进行不同标准分析的手段，iv)轻松再现早期的研究结果。更详细地说，该软件包提供了多种分析方法(例如，差异表达分析，识别差异甲基化区域)和可视化方法(例如，生存图，火山图，星爆图)，以便轻松开发完整的分析管道。

作者:Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva, Catharina Olsen, Luciano Garofano, Davide Garolini, Claudia Cava, Thais Sabedot, Tathiane Malta, Stefano M. Pagnotta, Isabella Castiglioni, Michele Ceccarelli, Gianluca Bontempi, Houtan Noushmehr

维护者:Tiago Chedraoui Silva ， Antonio Colaprico

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAbiolinks”)

超文本标记语言	R脚本	1.简介
超文本标记语言	R脚本	10.分类器
超文本标记语言	R脚本	10.TCGAbiolinks_Extension
超文本标记语言	R脚本	11.具备干细胞分
超文本标记语言	R脚本	2.搜索GDC数据库
超文本标记语言	R脚本	3.下载和准备文件进行分析
超文本标记语言	R脚本	4.临床数据
超文本标记语言	R脚本	5.突变的数据
超文本标记语言	R脚本	6.TCGA分子亚型的编译
超文本标记语言	R脚本	7.分析和可视化TCGA数据
超文本标记语言	R脚本	8.案例研究
超文本标记语言	R脚本	9.图形用户界面(GUI)
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细节

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版本	2.24.2
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(6.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0)
进口	下载器(>= 0.4)，biomaRt，dplyr、图形、宠物猫，GenomicRanges，XML(> = 3.98.0),data.table，jsonlite(> = 1.0.0),plyr，knitr、方法、ggplot2，stringr(> = 1.0.0),IRanges，房车(>= 0.3.0)， stats, utils，S4Vectors，R.utils，SummarizedExperiment(> = 1.4.0),TCGAbiolinksGUI.data(> = 1.15.1),readr、工具、tidyr，purrr，xml2，httr(> = 1.2.1)
链接
建议	jpeg，png，BiocStyle，rmarkdown，devtools，maftools，parmigene，c3net，minet，dnet，Biobase，affy，testthat，芝麻，AnnotationHub，ExperimentHub，pathview，clusterProfiler，修拉，ComplexHeatmap，circlize，ConsensusClusterPlus，igraph，supraHex，limma，刨边机，股东价值分析，EDASeq，survminer，genefilter，gridExtra，生存，doParallel平行,ggrepel(> = 0.6.3),尺度、网格
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
全靠我
进口我	埃尔默，miRLAB，MoonlightR，musicatk，SingscoreAMLMutations，SpidermiR，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	重新发现
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TCGAbiolinks_2.24.2.tar.gz
Windows二进制	TCGAbiolinks_2.24.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TCGAbiolinks_2.24.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAbiolinks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档