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TBSignatureProfiler
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TBSignatureProfiler
使用TB途径签名配置RA-Seq数据
生物导体版本:发布(3.12)
已经创建了结核病进展、结核病疾病和其他结核病疾病状态的特征。这个包使得使用这些签名和常见的签名分析工具(包括ASSIGN、gva和ssGSEA)来分析RNA-Seq数据变得很容易。
作者:David Jenkins [aut, cre]， Yue Zhao [aut]， W. Evan Johnson [aut]， Aubrey Odom [aut]， Christian Love [aut]
维护者:David Jenkins
引文(从R中输入引用(“TBSignatureProfiler”)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!安装BiocManager::install("TBSignatureProfiler")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“TBSignatureProfiler”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | TBSignatureProfiler简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.2.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (R-4.0)(1年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.0.0) |
| 进口 | 分配(> = 1.23.1),GSVA,SummarizedExperiment,S4Vectors、方法、BiocParallel,ComplexHeatmap,RColorBrewer,ggplot2,reshape2,circlize,glmnet,ROCit,bioDist,readr,引导,DESeq2,脱字符号,ggfortify,e1071,DT,刨边机,singscore,gdata,闪亮的 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,拼写,lintr,covr,knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler |
| BugReports | https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | TBSignatureProfiler_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TBSignatureProfiler_1.2.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | TBSignatureProfiler_1.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TBSignatureProfiler |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TBSignatureProfiler |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TBSignatureProfiler/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
