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TADCompare
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TADCompare
TADCompare:识别和描述微分TADs
Bioconductor版本:版本(3.17)
TADCompare R包旨在识别和描述微分拓扑关联域(TADs)多个高c之间联系矩阵。它包含函数寻找两个数据集之间的微分TADs,找到微分TADs随着时间的推移和识别共识TADs跨多个矩阵。需要所有的主要类型的嗝输入并返回简单、全面、易于分析的结果。
作者:米哈伊尔Dozmorov (aut (cre)
,凯伦Cresswell (aut)
维修工:米哈伊尔Dozmorov <米哈伊尔。在gmail.com dozmorov >
从内部引用(R,回车引用(“TADCompare”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TADCompare”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TADCompare”)
| HTML | R脚本 | 基因本体论富集分析 |
| HTML | R脚本 | 输入数据格式 |
| HTML | R脚本 | 比较两个条件 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.10.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.0) |
| 进口 | dplyr PRIMME,集群,矩阵,magrittr,HiCcompare,tidyr ggplot2 ggpubr、RColorBrewer reshape2 cowplot |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,rmarkdown knitr微基准测试、testthat covr, pheatmap,rGREAT,SpectralTAD |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/dozmorovlab/TADCompare |
| BugReports | https://github.com/dozmorovlab/TADCompare/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | TADCompare_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TADCompare_1.10.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | TADCompare_1.10.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | TADCompare_1.10.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TADCompare |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TADCompare |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TADCompare/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TADCompare/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
