蜘蛛网

doi:10.18129/b9.bioc.spidermir

蜘蛛网:用于综合网络分析的R/生物通用套件与miRNA数据

生物导体版本:版本(3.15)

Spidermir的目的是:i)促进网络从GeneMania数据中从GeneMania数据中检索网络,ii)使用适当的基因命名法制备数据,iii)在特定网络中将miRNA数据整合到特定网络中,iv)提供不同的标准分析和V)允许用户可视化结果。更详细地,该软件包提供了多种查询,准备和下载网络数据(GeneMania)的方法,并与经过验证和预测的miRNA数据(Mirwalk,Mirtarbase,Mirandola,Mirandola,Miranda,Miranda,Pictar和TargetScan)集成。此外,我们还提出了一项统计检验,以使用DGIDB和Matador数据库得出的基因 - 药物相互作用来识别药物-MIR的关系。

作者:Claudia Cava,Antonio Colaprico,Alex Graudenzi,Gloria Bertoli,Tiago C. C. C. Silva,Catharina Olsen,Houtan Noushmehr,Gianluca Bontempi,Giancarlo Mauri,Isabella Castiglioniiii castiglioniii

维护者:claudia cava

引用(从r内,输入引用(“蜘蛛网”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ spidermir”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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细节

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版本 1.26.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(6年)
执照 GPL(> = 3)
要看 R(> = 3.0.0)
进口 httr,,,,Igraph,utils,统计,mirnatap,,,,mirnatap.db,,,,AnnotationDbi,,,,org.hs.eg.db,,,,GGPLOT2,,,,栅格,,,,GPLOTS,grdevices,格子,,,,LatticeExtra,,,,tcgabiolinks,,,,gdata,,,,Mageckflute
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,DevTools,,,,roxygen2
系统要求
增强
URL https://github.com/claudiacava/spidermir
BugReports https://github.com/claudiacava/spidermir/issues
取决于我
进口我 Starbiotrek
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 spidermir_1.26.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) spidermir_1.26.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spidermir
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/蜘蛛网
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/spidermir/
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