SomaticSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SomaticSignatures

体细胞签名

Bioconductor版本:发行版(3.13)

SomaticSignatures包识别单核苷酸变异(snv)的突变签名。它提供了与Nik-Zainal (2012, Cell)中描述的方法相关的基础设施，具有矩阵分解算法的灵活性。

作者:朱利安格林

维护者:Julian Gehring

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SomaticSignatures")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SomaticSignatures”)

超文本标记语言	R脚本	SomaticSignatures
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文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.1.0),VariantAnnotation，GenomicRanges，NMF
进口	S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，Biostrings，ggplot2，ggbio，reshape2，NMF，pcaMethods，Biobase、方法、代理
链接
建议	testthat，knitr平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，SomaticCancerAlterations，ggdendro，fastICA，股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures
BugReports	https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我	YAPSA
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SomaticSignatures_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	SomaticSignatures_2.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SomaticSignatures_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SomaticSignatures
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SomaticSignatures
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SomaticSignatures/
包下载报告	下载数据