simffpe
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doi：10.18129/b9.bioc.simffpe
NGS读取FFPE组织的模拟器
生物导体版本：版本（3.13）
NGS（下一代测序）读取了FFPE（福尔马林固定的石蜡包裹）样品中的样品中包含许多伪影嵌合读数（ACR），这可以导致假阳性结构变体调用。这些ACR来自两个单链DNA（SS-DNA）片段，这些片段具有短反向互补区（SRCR）。该软件包模拟了这些人工嵌合读数，以及整个基因组 /几个染色体 /大区域的FFPE样品的正常读取。
作者：Lanying Wei [AUT，CRE]
维护者：lanying wei
引用（从r内，输入引用（“ simffpe”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ simffpe”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ simffpe”）
| R脚本 | Simffpe的简介 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.11（R-4.0）（1年） |
| 执照 | LGPL-3 |
| 要看 | 生物弦 |
| 进口 | dplyr，，，，foreach，，，，多帕尔，，，，truncnorm，，，，基因组机，，，，iranges，，，，rsamtools，并行，图形，统计，utils，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | simffpe_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | simffpe_1.4.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | simffpe_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simffpe |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/simffpe |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/simffpe/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
