Shortread

doi:10.18129/b9.bioc.shortread

FASTQ输入和操纵

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包实现了FastQ文件的采样,迭代和输入。该软件包包括用于过滤和修剪读取的功能,以及生成质量评估报告。数据表示为DNAStringset衍生的对象,并且很容易为各种目的而操纵。该软件包还包含对早期单端,未包装格式的遗产支持。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙·安德斯

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ Shortread”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Shortread”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Shortread”)

PDF R脚本 Shortread简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 1.54.0
在生物导体中 Bioc 2.3(R-2.8)(13。5年)
执照 艺术2.0
要看 生物基因(> = 0.23.3),生物比较,,,,生物弦(> = 2.47.6),rsamtools(> = 1.31.2),基因组签名(> = 1.15.6)
进口 生物酶,,,,S4VECTORS(> = 0.17.25),iranges(> = 2.13.12),GenomeInfodB(> = 1.15.2),基因组机(> = 1.31.8),HWRITER, 方法,Zlibbioc,,,,格子,,,,LatticeExtra
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,生物弦,,,,Rhtslib,,,,Zlibbioc
建议 生物使用,,,,运行,,,,Biomart,,,,GenomicFeatures,,,,酵母纳加拉克氏菌
系统要求
增强
URL
取决于我 chipseq,,,,Eatonetalchipseq,,,,EDASEQ,,,,esatac,,,,girafe,,,,htseqgenie,,,,雏形,,,,耳管酶,,,,RQC,,,,片段,,,,测序,,,,Systempiper
进口我 扩增器,,,,arrayexpresshts,,,,basecallqc,,,,,,,,Cellbarcode,,,,chipseq,,,,chipseqr,,,,芯片,,,,Dada2,,,,EasyRnaseq,,,,FastQCleaner,,,,哥特,,,,冰茶,,,,电离,,,,Macpet,,,,,,,,,,,,R453plus1toolbox,,,,RSVSIM,,,,颈背,,,,umi4cats
建议我 生物比较,,,,CSAR,,,,基因组签名,,,,Hicdatalymphoblast,,,,ping,,,,repitools,,,,rsamtools,,,,S4VECTORS,,,,SystemPiperData,,,,yeastrnaseq
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 shortread_1.54.0.tar.gz
Windows二进制 shortread_1.54.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) Shortread_1.54.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/shortread
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/shortread
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/shortread/
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