Sradb
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doi：10.18129/b9.bioc.sradb
NCBI SRA和工具的元数据汇编
生物导体版本：版本（3.15）
序列读取存档（SRA）是下一代测序平台的测序数据最大的公共存储库，包括Roche 454 GS系统，Illumina Genome Genome Analyzer，Applied Biosystems solid System，Helicos Heliscope等。但是，使用当前工具找到感兴趣的数据可能会具有挑战性。SRADB试图访问与提交，研究，样本，实验和运行更可行的元数据。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析为可以在本地存储和查询的SQLite数据库来完成的。包装中的FullText搜索使查询元数据非常灵活且功能强大。可以下载FASTQ和SRA文件以在本地进行对齐。除了FTP协议外，SRADB还具有支持FASTP协议（来自Aspera Connect的ASCP）的Funcitons，以更快地在长距离下载大型数据文件。随着新数据添加到SRA，可以定期更新SQLITE数据库，并且可以随意下载最新的元数据。
作者：杰克·朱和肖恩·戴维斯
维护者：jack zhu
引用（从r内，输入引用（“ Sradb”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Sradb”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Sradb”）
| R脚本 | 使用sradb查询序列读取存档 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.58.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.6（R-2.11）（12年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | rsqlite，，，，图形，，，，rcurl |
| 进口 | 地球 |
| 链接 | |
| 建议 | rgraphviz |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/ |
| BugReports | https://github.com/seandavi/sradb/issues/new |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 甲状旁腺 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | sradb_1.58.0.tar.gz |
| Windows二进制 | sradb_1.58.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | sradb_1.58.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sradb |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/sradb |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sradb/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
