Spsimseq.

DOI：10.18129 / b9.bioc.spsimseq.

用于批量和单细胞RNA测序数据的半参数仿真工具

Bioconductor版本：释放（3.13）

SPSIMSeq使用专门设计的指数族进行密度估计，以构建来自给定的真实RNA测序数据（单细胞或批量）的基因表达水平的分布，随后使用高斯 - Copulas从估计的边际分布模拟新数据集以保留基因之间的依赖性。它允许模拟多组和批次，其中包含任何所需的样本大小和库尺寸。

作者：Alemu Takele Assefa [Aut]，Olivier Thas [Ths]，Joris Meys [Cre]，Stijn Hawinkel [Aut]

维护者：Joris Meys

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“spsimseq”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	SPSIMSEQ包装手册：批量和单个单元格RNA-SEQ数据的半参数仿真
PDF.		参考手册
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 4.0）
进口	统计，方法，SinglecellexPeriment.那Fitdistrplus.，图形，edger.那HMISC.那WGCNA那林马那mvtnorm.那文学，实用程序
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那LSD.那testthat.那生物焦
系统要求
加强
URL.	https://github.com/centerforstatistics-upent/spsimseq.
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包档案包

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源包	spsimseq_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	spsimseq_1.2.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	spsimseq_1.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/spsimseq.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ spsimseq
包短网址	https://biocumon.org/packages/spsimseq/
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