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DOI:10.18129 / B9.bioc.SPOTlight

“聚光灯”:空间转录组反褶积

Bioconductor版本:版本(3.15)

“聚光灯'provides方法deconvolute空间转录组点使用播种NMF方法以及可视化工具来评估结果。空间解决基因表达谱是理解组织结构和功能的关键。然而,小说空间转录组(ST)分析技术缺乏单细胞分辨率,需要结合单细胞RNA序列(scRNA-seq)信息deconvolute空间索引的数据集。利用两种数据类型的优势,我们开发了聚光灯,集成的计算工具,使圣scRNA-seq数据推断出的位置在一个复杂的组织细胞类型和状态。焦点集中在一个播种非负矩阵分解(NMF)回归,初始化使用程控标记基因和非负最小二乘(NNLS)随后deconvolute圣捕获位置(点)。

作者:马克Elosua-Bayes (aut (cre),海伦娜·l·Crowell (aut)

维护人员:马克Elosua-Bayes < elosua。马克在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“聚光灯”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“聚光灯”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“聚光灯”)

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细节

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版本 1.0.0
Bioconductor自 BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 4.1)
进口 ggplot2,NMF,矩阵,matrixStats,nnls,SingleCellExperiment,统计数据
链接
建议 BiocStyle,色盲,ExperimentHub,DelayedArray,ggcorrplot、网格igraph,jpeg,knitr、方法、png,rmarkdown,,scatterpie,食物,修拉,SeuratObject,SpatialExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,TabulaMurisSenisData,TENxVisiumData,testthat
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URL https://github.com/MarcElosua/SPOTlight
BugReports https://github.com/MarcElosua/SPOTlight/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SPOTlight_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 SPOTlight_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64) SPOTlight_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPOTlight
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/焦点
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SPOTlight/
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