关注的焦点

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPOTlight

“聚光灯”:空间转录组反褶积

Bioconductor版本:版本(3.15)

“聚光灯'provides方法deconvolute空间转录组点使用播种NMF方法以及可视化工具来评估结果。空间解决基因表达谱是理解组织结构和功能的关键。然而,小说空间转录组(ST)分析技术缺乏单细胞分辨率,需要结合单细胞RNA序列(scRNA-seq)信息deconvolute空间索引的数据集。利用两种数据类型的优势,我们开发了聚光灯,集成的计算工具,使圣scRNA-seq数据推断出的位置在一个复杂的组织细胞类型和状态。焦点集中在一个播种非负矩阵分解(NMF)回归,初始化使用程控标记基因和非负最小二乘(NNLS)随后deconvolute圣捕获位置(点)。

作者:马克Elosua-Bayes (aut (cre),海伦娜·l·Crowell (aut)

维护人员:马克Elosua-Bayes < elosua。马克在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“聚光灯”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“聚光灯”)

HTML	R脚本	关注的焦点
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	ggplot2,NMF,矩阵,matrixStats,nnls,SingleCellExperiment,统计数据
链接
建议	BiocStyle,色盲,ExperimentHub,DelayedArray,ggcorrplot、网格igraph,jpeg,knitr、方法、png,rmarkdown,嘘,scatterpie,食物,修拉,SeuratObject,SpatialExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,TabulaMurisSenisData,TENxVisiumData,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MarcElosua/SPOTlight
BugReports	https://github.com/MarcElosua/SPOTlight/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SPOTlight_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SPOTlight_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SPOTlight_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPOTlight
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/焦点
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SPOTlight/
包下载报告	下载数据