海绵
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SPONGE
基因表达的稀疏偏相关
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该包提供了有效检测两个基因之间竞争性内源性RNA相互作用的方法。这种相互作用是由一个或几个miRNA介导的，因此需要大量样本的基因和miRNA表达数据作为输入。海绵包现在还包括海绵效应:ceRNA模块提供患者特异性miRNA调控景观的见解。
作者:Markus List [aut, cre]
，马库斯·霍夫曼[au]
维护者:Markus List < Markus . List。在tum.de>上列出
引文(从R内，输入引用(“海绵”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“海绵”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 海绵装饰图案 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | spongEffects装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | R (>= 3.6) |
| 进口 | Biobase统计数据,ppcor，日志记录，foreach，doRNG，data.table，质量，expm，gRbase，glmnet，igraph，迭代器，tidyverse，脱字符号，dplyr，biomaRt，randomForest，ggridges，cvm，miRBaseConverter，ComplexHeatmap，ggplot2，MetBrewer，rlang，tnet，ggpubr，stringr，tidyr |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，knitr，rmarkdown，visNetwork，ggrepel，gridExtra，消化，doParallel，bigmemory |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | miRspongeR |
| 建议我 | mirTarRnaSeq |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SPONGE_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SPONGE_1.20.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | SPONGE_1.20.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | SPONGE_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPONGE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SPONGE |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SPONGE/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SPONGE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
